Mikrofale często wykorzystywane są m.in. w sektorze chemicznym lub farmaceutycznym. Ze względu na stopień skomplikowania zachodzących procesów, używanie materiałów i środków agresywnych chemicznie oraz konieczność zachowania separacji pomiędzy źródłem energii a materiałem, bardzo często jest wybierana technologia mikrofalowa. Pozwala ona precyzyjnie kontrolować proces technologiczny, przy zachowaniu wszystkich niezbędnych reżimów.
Podgrzewanie
Utrzymywanie temperatury produktu w pewnych granicach, określonych warunkami technologicznymi jest niezwykle istotne. Trudność pojawia się gdy produkt ten jest silnie agresywny chemicznie.
Istnieją materiały, które chronią grzałki przed agresywnymi płynami. Jednak ewentualna wymiana grzałki wiąże się problemami technicznymi i organizacyjnymi. Urządzenia mikrofalowe podgrzewające materiały nie mają z nimi kontaktu. Nie są więc narażone na ich agresywne działanie. Podgrzewany produkt może być magazynowany w zbiorniku lub przepływać w wężownicy.
Urządzeniami, których najczęściej używa się do tego typu zadań są różnego rodzaju generatory, komory oraz reaktory mikrofalowe.
Wspomaganie
Dostarczenie odpowiedniej ilości energii w stosunkowo krótkim czasie jest czasami niezbędne do zainicjowania i właściwego przebiegu procesu chemicznego. Efektem takiego procesu może być wydzielanie się znacznych ilości ciepła lub gazów. Osobną kwestią jest ciągła kontrola procesu i szybkie reagowanie na zachodzące zmiany.
W urządzeniach mikrofalowych te wszystkie elementy można uwzględnić. Systemy mikrofalowe dostarczają precyzyjnie określoną moc. Nie ma inercji związanej z nagrzewaniem i stygnięciem grzałek. Izolacja cieplna części mikrofalowej i wydzielona instalacja odprowadzania gazów procesowych nie jest żadnym problemem.